Le 25 novembre 2024 s’est tenue la journée scientifique de l’axe Analyse structurale et métabolomique du GIS Biogenouest. Cet évènement avait vocation à établir des interactions entre les différents axes technologiques du réseau sur le thème du traitement et de l’analyse de données, provenant de différentes sources (spectrométrie de masse, RMN, chromatographie, approches dites « omiques » et imagerie).
La journée a rassemblé 70 participant.e.s venu.e.s des différents sites bretons et ligériens du réseau (Rennes, Brest, Roscoff, Fougères, Nantes, Lorient …). Les plateformes de l’axe ASM étaient bien entendu représentées (Corsaire, BIBS, Lipidocean) mais la participation à la journée s’est plus largement étendue aux différentes structures de recherche régionales (unités de recherche, instituts), avec la présence de nombreux jeunes chercheurs.
L’assemblée couvrait les différents domaines d’activité du réseau (Santé, Agro, Mer et Science de la Donnée) chers à Biogenouest et des disciplines variées : Chimie, Biologie, Informatique, Numérique, Mathématiques.
Trois sessions de présentations ont été proposées :
Traitement du signal, Visualisation des données, et Intégration de données hétérogènes,
avec des intervenant.e.s provenant des plateformes du réseau ou collaborateur.trice.s de ces mêmes plateformes.
La première session, dédiée au traitement du signal, a permis de souligner l’importance de cette étape, primordiale pour ne pas compromettre ou biaiser les résultats. Les différents intervenants ont pu illustrer cet aspect pour différents types de données, par exemple pour des données issues de GC-c-IRMS pour l’analyse des acides gras, ou pour des images 3D de grande volumétrie.
Lors de la deuxième session consacrée à la visualisation des données, les participants ont pu mesurer l’étendue des outils développés par les plateformes pour permettre à chaque utilisateur de mieux exploiter ses données, parfois volumineuses. Le développement de ces outils implique des interactions entre biologistes et bio-informaticiens.
Les présentations de la troisième session avaient pour objet le traitement de données hétérogènes, et donc issues de différentes sources. Là encore, la collaboration entre mathématiciens, informaticiens, et spécialistes de la donnée avec des chimistes et/ou des biologistes est essentielle.
Une première présentation a permis de synthétiser les enjeux du traitement de données hétérogènes et d’ouvrir des pistes pour mieux les explorer et les intégrer, en insistant sur l’importance des réseaux tels que Biogenouest.
De nombreux exemples ont suscité l’intérêt de l’assemblée :
Dans le domaine de la Santé, 3 études différentes ont été présentées, menées en collaboration avec les plateformes du réseau et qui ont montré l’intégration de données transcriptomiques et métabolomiques (par RMN, MS) sur des cohortes de patients ou des lignées cellulaires.
Dans le domaine de la Mer, l’étude des symbioses marines entre des bactéries et leurs hôtes a pu être réalisée grâce à l’intégration des données de métabolomique par MS et de metabarcoding.
Dans le domaine de l’Agronomie, des approches combinées de génétique, de génomique et de métabolomique ont été utilisées pour l’étude du métabolisme de plantes cultivées, en partenariat avec la plateforme Corsaire.
Les présentations de la journée ont suscité de nombreuses questions et discussions, qui se sont poursuivies lors des pauses. La richesse des échanges démontre bien l’importance de ces journées scientifiques.
