Ateliers

Pour l’édition 2024, 27 ateliers sont proposés. Ils sont répartis en 6 sessions sur les 2 journées.

Chaque atelier dure 30 minutes.

PlateformeTitreDescriptionIntervenants
EcogenOSéquençage DNBSEQ-G400 MGI, retour d’expérience sur le RNAseq directionnelLes études de transcriptomique par séquençage demandent un nombre important de séquences pour obtenir une analyse la plus fine et la plus exhaustive possible. La plateforme EcogenO s’est donc dotée d’un séquenceur DNBSEQ-G400 de MGI. La première application développée et proposée est le RNAseq directionnel. Nous avons réalisé les premiers tests sur des échantillons d’ARN de plantes et de microorganismes. Ce retour d’expérience est l’occasion de comparer les résultats de séquençage avec ou sans ribodéplétion, et avec une préparation manuelle ou robotisée. Il vous sera également exposé un tour d’horizon des capacités de séquençage sur G400 et des applications en cours de développement par EcogenO.Sophie Michon-Coudouel, EcogenO
ViVeM centerProduction et caractérisation de vecteurs AAVr : où en est-on ?Les virus recombinants adéno-associés (AAV) sont des vecteurs viraux de choix pour la thérapie génique in vivo, avec déjà six produits actuellement approuvés sur le marché. Cependant, le processus de fabrication de grandes quantités de vecteurs AAV reste un défi majeur, notamment en raison de l’augmentation des demandes cliniques et commerciales et de la nécessité d’administrer de fortes doses par voie systémique pour obtenir une efficacité thérapeutique. Notre plateforme (CPV) aujourd’hui ViVeM pour Viral Vector Manufacturing center, « intégrateur en Biothérapies et Bioproduction, France 2030 », vise à relever ces défis depuis la « vectorologie » fondamentale jusqu’à la fabrication préindustrielle. Les méthodes actuelles de production et de purification d’AAV produisent toujours une population hétérogène de vecteurs, en particulier avec la présence de particules vides indésirables ou de particules intermédiaires remplies d’une séquence d’ADN incomplète. La détermination du rapport capsides pleines/vides est une exigence critique de contrôle qualité pour la production d’AAVr. Plusieurs méthodes analytiques sont actuellement utilisées. La vitesse de sédimentation par ultracentrifugation analytique (AUC-SV) est considérée comme la technologie analytique par excellence permettant de mesurer les quantités relatives de chaque sous-population de particules dans le lot de vecteurs AAVr, en plus des agrégats de particules, sur la base des coefficients de sédimentation des différents composants. Cependant, la méthode AUC a ses limites, notamment le volume d’échantillon nécessaire à l’analyse, la limite de détection et le coût de l’équipement spécifique requis. Aujourd’hui, un large panel d’autres technologies pour l’évaluation du ratio AAVr plein/vide sont utilisées ou évaluées, telles que la photométrie de masse, la spectrophotométrie, la chromatographie d’échange selon la taille ou l’électrophorèse capillaire, mais toutes ces méthodes permettent elles une caractérisation aussi précise que l’AUC ?Cécile Robin, ViVeM center
PLaTIMed et IRT b-comFormation digitale au bloc opératoire : 2 cas d’usage avec le projet INVOLVE (In-Situ Volumetric Audio-Video Experience) et le projet OptimiX (Radiation dose optimization for X-ray guided procedures).Le projet INVOLVE, se situant à l’intersection des médias et de la santé, apporte une contribution significative à la formation digitale médicale. Utilisant des technologies telles que la réalité virtuelle et augmentée, son but est d’innover dans l’enseignement médical. Dans le domaine de la chirurgie, INVOLVE met en œuvre des techniques de captation multi-points et de reconstruction 4D, facilitant ainsi la création d’environnements d’apprentissage immersifs photo-réalistes.
Cette méthode permet aux stagiaires de se familiariser avec les scénarios chirurgicaux complexes et d’observer de manière approfondie les procédures essentielles.
En complément de la formation traditionnelle, cette approche offre une expérience pratique et interactive, essentielle pour acquérir les compétences spécifiques au bloc opératoire.L’utilisation des rayons X à des fins médicales est associée à un risque inhérent d’exposition des patients, des radiologues/chirurgiens d’intervention et des membres du personnel médical à des rayonnements ionisants nocifs. Des études ont fait état d’un nombre considérable d’expositions inutiles résultant d’un manque de sensibilisation, d’une préoccupation réduite des risques d’exposition à long terme et d’une mauvaise connaissance du comportement des rayonnements ionisants. L’objectif global du projet OptimiX est d’améliorer la radioprotection des patients et du personnel clinique en (i) développant de nouvelles approches pour une simulation rapide et précise des rayonnements, (ii) proposant des méthodes pour optimiser la configuration d’un appareil d’imagerie à rayons X afin de minimiser la dose délivrée (iii) développant des systèmes de sensibilisation aux rayonnements utilisant la visualisation de la réalité augmentée/virtuelle pour faciliter l’enseignement, d’une manière attrayante et intuitive, sur le comportement à adopter face aux rayonnements ionisants.		Albert Murienne et Nicolas Ramin, IRT b-com et Guillaume Dardenne, PLaTIMed
BIBSAnalyse des oligosaccharides de laits animal et humain par chromatographie liquide à interaction hydrophile : une approche pour l’exploration de la diversité et impact de l’alimentation.Afin d’étudier l’impact de l’alimentation et de la génétique sur la diversité et les concentrations en oligosaccharides de lait, la plateforme BIBS de l’unité BIA à Nantes a développé et mis en place une méthode simple et rapide pour identifier et quantifier ces molécules. Cette méthode permet à la fois d’extraire les oligosaccharides des matrices laitières et de leurs dérivés fermentés, de coupler de manière stœchiométrique les oligosaccharides à un fluorophore et de les analyser par chromatographie liquide ultra-haute performance couplée à un spectromètre de masse et à un détecteur de fluorescence. La méthode ainsi que son application à différents laits permet de révéler les similitudes et divergences entre les laits humains et animaux. Par ailleurs, son utilisation dans le cadre de différents projets en partenariat (académique et privé) et projets financés (Valorex, INRAE, coopérative laitière SODIAAL notamment) permet de mieux comprendre les impacts génétique et de l’alimentation sur la composition des oligosaccharides de laits et leur abondance.Sophie Le Gall, BIBS
MRicRIM : Nouvelle approche d’imagerie de fluorescence haute résolution par illumination aléatoire.L’idée du RIM est d’utiliser les « speckles » du laser d’illumination en plein champ pour créer un motif d’illumination structuré à la limite de diffraction. En faisant varier le motif d’une image à l’autre à l’aide d’un élément diffractant (dans notre cas, un SLM), nous sommes en mesure d’acquérir un stack d’images avec une caméra, ce qui correspond à une illumination homogène cumulative. En résolvant le problème inverse, nous sommes en mesure de reconstruire une image super-résolue au niveau du plan focal avec une coupe optique sans précédent. Par rapport au SIM conventionnel, le RIM est capable de travailler en profondeur de l’échantillon car le speckle est insensible à la diffusion. La principale application est l’acquisition d’images super-résolues en profondeur avec une très faible quantité de lumière et à grande vitesse. Il s’agit d’un très bon compromis entre la coupe z et la super-résolution avec une illumination à plein champ particulièrement adaptée aux échantillons vivants épais.Nina Soler, MRic-Photonics, et Gilles Le Marchand, UMR 6290 IGDR
PlateformeTitreDescriptionIntervenants
ProtimLa révolution de l’analyse DIA en protéomique : pour aller plus loin dans la profondeur d’analyse des protéomesJusqu’à très récemment la méthode phare pour analyser des protéomes complexes par spectrométrie de masse se basait sur une acquisition dépendante des données (DDA) où les ions fragmentés pour l’analyse MS/MS sont sélectionnés un par un au moment de l’acquisition selon l’intensité de leur signal. Ceci a comme inconvénient de ne pas sélectionner certains ions peu intenses et donc de perdre de l’information.
Depuis quelques années, une nouvelle méthode d’acquisition indépendante des données (DIA) se développe, permettant l’acquisition des données de MS/MS de tous les ions détectés grâce à la fragmentation simultanée de plusieurs ions en parallèle sur de larges bandes d’isolation, générant des spectres MS/MS très complexes.
Cette méthode se démocratise notamment grâce au développement de logiciels dédiés utilisant des algorithmes de prédictions basés sur l’intelligence artificielle pour l’analyse de spectres très complexes et grâce à l’utilisation en protéomique de spectromètre de masse de dernière génération possédant une cellule de mobilité ionique comme dimension supplémentaire de séparation des ions (4D-proteomics), allié à une vitesse de séquençage élevée sans affecter la résolution ou la sensibilité.
Au cours de cet atelier nous présenterons cette méthode d’analyse et nous illustrerons son implémentation sur la plateforme Protim au travers de projets scientifiques pris en charge.		Emmanuelle Com et Régis Lavigne, Protim
SynNanoVectTransfert non viral d’acides nucléiques in vitro et in vivo : de la formulation de nanovecteurs à l’utilisation pour le gain ou la perte de fonctionLa vectorisation non virale d’acides nucléiques a considérablement évolué à la fois par la nature des agents de transport (lipides et polymères polycationiques), la diversité des acides nucléiques utilisés (ADN plasmidique, ARNm, siARN, ARN guide et nucléases), leur formulation notamment avec l’utilisation de la microfluidique, ainsi que la caractérisation physico-chimique adéquate. De plus, in vivo, différentes voies d’administration sont possibles en fonction des applications recherchées. Sur un autre versant, les appareillages d’électroporation de dernière génération offrent des outils et des applications allant de la simple transfection à des fins de recherche jusqu’à la correction génique ex vivo. La plateforme SynNanoVect propose un atelier sur les technologies non virales de transfert d’ADN et ARN en focalisant principalement le propos sur la formulation des nanovecteurs pour leur utilisation in vitro et leur administration in vivo ainsi que les derniers développements sur la technologie microfluidique et l’électroporation.Pascal Loyer, Paul-Alain Jaffrès, Thierry Benvegnu, Brice Calvignac et Tristan Montier, SynNanoVect
Hyperion40 nuances de métaux pour caractériser le microenvironnement tissulaire.Ces dernières années les technologies d’imagerie multiplexée se sont considérablement développées. Traditionnellement, les marquages immunohistochimiques (IHC) réalisés sur des coupes de tissus (inclus en paraffine ou congelés) sont analysés par un anatomopathologiste de manière semi-quantitative. L’inconvénient est que le nombre de paramètres observables simultanément reste restreint. L’Hyperion™ (Standard BioTools) révolutionne les analyses avec actuellement une quantification de 40 paramètres sur une même coupe tissulaire [1] ! Les lames sont marquées par des anticorps couplés à des isotopes métalliques stables. Ces isotopes métalliques sont détectés par spectrométrie de masse donnant ainsi une information sur l’intensité et la distribution spatiale des marqueurs. Le système permet l’analyse de coupes de tissus avec une résolution de 1 μm2. Venez découvrir un éventail de projets réalisés sur notre plateforme brestoise ![1] Elaldi R, Hemon P, Petti L, Cosson E, Desrues B, Sudaka A, Poissonnet G, Van Obberghen-Schilling E, Pers JO, Braud VM, Anjuère F, Meghraoui-Kheddar A. High Dimensional Imaging Mass Cytometry Panel to Visualize the Tumor Immune Microenvironment Contexture. Front Immunol. 2021 Apr 16.Patrice Hemon, Nadège Marec et Pierre Pochard, HYPERION
Corsaire La métabolomique au service de l’écologie chimique.L’écologie chimique vise à décrypter les interactions chimiques entre les organismes vivants, qu’ils soient macro- ou microscopiques. Ce champ de recherche est vaste et touche diverses communautés scientifiques travaillant sur de nombreux modèles d’interactions biotiques à différentes échelles. L’écologie chimique s’étend de la recherche fondamentale à des applications variées, comme par exemple l’étude des interactions plantes-insectes en agronomie et les solutions biomimétiques de contrôle du biofilm en milieu marin. Au travers de profilages métaboliques ciblés ou non, cet atelier illustrera la puissance et la pertinence des analyses métabolomiques pour la caractérisation de la chimio-diversité et l’identification de signatures chimiques impliquées dans la médiation inter-organismes, notamment via les outils analytiques disponibles à la plateforme Corsaire. Dans ce contexte, différents exemples issus d’environnements marins ou terrestres seront abordés.Catherine Leblanc (Corsaire-MetaboMer), Olivier Grovel (Corsaire-ThalassOMICS) et Alain Bouchereau (Corsaire-P2M2)
Atlanpole BiotherapiesLes financements de la recherche collaborative (public/privé).Le pôle de compétitivité Atlanpole Biotherapies présentera plusieurs appels à projets collaboratifs, impliquant des entreprises et structures de recherche, de différents guichets de financement (Régions, France 2030, ANR, etc.). Le pôle présentera aussi ses accompagnements au montage de projet et à la labellisation.Benoît-Jules Youbicier-Simo, Atlanpole Biotherapies et Paul Bodin, ABF Décisions
PlateformeTitreDescriptionIntervenants
ImpactDéveloppement d’outils bio-informatiques autour des données de protéomique fonctionnelle pour l’inférence de fonctions protéiques.Nous avons développé un ensemble d’outils bioinformatiques utilisant des données de protéomique ou la structure 3D pour donner des pistes quant à la fonction biologique de protéines peu connues : Par exemple, l’outils PROZE identifie des analogies de structure tridimensionnelle pour identifier des domaines protéiques similaires et inférer de potentielles fonctions biologiques. Un autre outil utilise le Node Embedding et une algorithmie de similarité vectorielle et des plus proches voisins pour identifier des protéines centrales essentielles à l’activité de notre cible biologique à partir de données de protéomiques différentielles. Voyons comment naît l’idée de ces outils et partons sur les étapes de développement de ces outils bioinformatiques jusqu’à leur utilisation pour résoudre des problématiques scientifiques.Mike Maillasson, Impact
LGAPréservation d’organes en vue d’une transplantation : développement de modalités de préservation innovante ex vivo sur modèles grands animaux. En transplantation d’organes, la période entre le prélèvement du transplant chez les donneurs et sa revascularisation chez le receveur est une période particulièrement critique car responsable d’une ischémie des transplants. Au sein de notre laboratoire et sur la plateforme du laboratoire des grands animaux (LGA), nous cherchons à développer des modalités de préservation innovante ayant pour but de diminuer l’ischémie des transplants et finalement d’en améliorer la fonction. Dans cet atelier, nous présenterons les étapes successives de développement des modalités de préservation au sein d’un modèle de grand mammifère. Nous expliquerons également comment les nouvelles modalités de revascularisation des organes permettent de substituer au modèle in vivo et participent ainsi à l’amélioration du bien-être animal.Stéphanie Bernardet et Benoit Mesnard, LGA
APEXUn nouveau microscope à feuilles de lumière sur APEX pour l’exploration 3D d’échantillons de grande taille.L’ultramicroscope à feuille de lumière récemment installé sur APEX présente trois points forts essentiels pour explorer la biodistribution d’agents infectieux ou thérapeutiques ou la microstructure trimensionnelle d’un tissu à l’échelle de l’organe entier : (i) il est adapté à l’exploration de grands échantillons ( ex. souris entière), (ii) il est compatible avec toutes les techniques de transparisation, en particulier celles qui utilisent des solvants organiques qui sont les plus efficaces et (iii) il représente un système ouvert qui permet l’observation d’échantillons à différents grossissements. Cet équipement de haute technologie vient compléter l’ensemble des outils disponibles sur les plateformes d’imagerie de la région du Grand Ouest et contribuera au renforcement des activités de recherche menées par la communauté scientifique utilisatrice des plateformes de Biogenouest.Laurence Dubreil, APEX et UMR 703 PAnTher
LIPIDOCEAN, LEMAR, BEEP-LEP et Polaris
L’analyse isotopique des lipides marins : des applications de l’écologie à l’industrie.La composition en lipides des organismes marins est régulée par des mécanismes biologiques en réponse à des facteurs biotiques et abiotiques. En effet, les signatures moléculaires et isotopiques des lipides des organismes marins comportent certaines spécificités liées au type d’organisme étudié et peuvent être modifiées en réponse à des perturbations environnementales comme des stress thermiques ou trophiques.
Au sein de la plateforme LIPIDOCEAN du LEMAR, l’utilisation de la GC-MS et de la GC-IRMS permet l’analyse fine des lipides marins (acides gras, stéroïdes, etc.) aux échelles moléculaires et atomiques. L’analyse structurelle et fonctionnelle des lipides par des méthodes classiques de chromatographie est ainsi combinée avec des analyses spectrométriques de rapports isotopiques sur composés spécifiques (CSIA). Cette approche novatrice permet de répondre à des questions et des besoins allant de la recherche fondamentale à la R&D industrielle :
– pour l’étude de l’écophysiologie trophique des organismes au sein où à l’interface d’écosystèmes.
– pour la traçabilité des produits de la mer (dont les huiles industrielles), un secteur économique de plus en plus exposé à la fraude.
– pour des applications en métabolomique et fluxomique via la production biosynthétique d’acides gras polyinsaturés marqués uniformément en 13C .		Manon Buscaglia, LEMAR; Loïc Harrault, CNRS-Polaris; Margaux Mathieu-Resuge, Ifremer – BEEP – LEP
Atlanpole BiotherapiesRetours d’expériences de projets collaboratifs.Des entreprises et chercheurs du territoire présenteront deux projets collaboratifs auxquels ils ont participé au travers du contexte, des objectifs et des résultats du projet mais aussi de l’accompagnement par un pôle de compétitivité et des facteurs de succès.Benoît-Jules Youbicier-Simo, Atlanpole Biotherapies
S’inscrire aux ateliers
PlateformeTitreDescriptionIntervenants
P2RNormes actuelles pour le contrôle qualité des protéines.L’utilisation de protéines recombinantes peu ou mal caractérisées peut conduire les travaux de recherches à des problèmes de reproductibilité, voire à des conclusions erronées. Cela peut être dû à la présence dans l’échantillon d’agrégats et/ou de protéines ayant une conformation non native.
A l’initiative des réseaux P4EU et Arbre Mobieu, des recommandations internationales pour de meilleures pratiques quant au contrôle qualité des protéines ont été définies en 2021. Au cours de cet exposé, nous discuterons de ces recommandations et des techniques biophysiques associées dont plusieurs sont accessibles sur la plateforme P2R ou y sont en cours d’implémentation.		Frédéric Pecorari, P2R
ImPACcell et IGDR
Le chien, le meilleur allié de l’homme : développement de lignées cellulaires tumorales canines comme modèles de tests de drogues en oncologie comparée.L’espèce canine comprend plus de 400 races issues de la sélection artificielle imposée par l’homme depuis plus de 10 000 ans. Ainsi, en plus de la fixation de nombreux phénotypes dans chacune des races, les maladies génétiques à prédispositions raciales telles que les cancers sont nombreuses. L’équipe Génétique du Chien, dirigée par Catherine André, de l’UMR 6290 IGDR à Rennes travaille sur les cancers canins comme modèles génétiques et thérapeutiques des cancers homologues chez l’homme. Après avoir développé des lignées tumorales à partir de tissus tumoraux canins (ex : mélanomes, sarcomes), nous les avons caractérisées sur le plan génétique, réalisé des tests de réponse à des drogues (tests IC50 in vitro sur la plateforme ImPACcell) et vérifié leur tumorigénicité chez la souris immunodéficiente (en collaboration avec Biotrial dans le cadre d’Oncotrial). Les résultats de l’ensemble de ces tests nous permettent d’identifier des lignées tumorales pertinentes présentant des caractéristiques homologues aux cancers humains qui pourront être utilisées pour le développement de nouveaux médicaments. À ce jour, un panel d’une vingtaine de lignées tumorales canines a été établi, constituant un outil pertinent pour la réalisation d’études en oncologie avec un double bénéfice pour l’homme et le chien.Caroline Confais, UMR 6290 IGDR
MicroPICellL’imagerie innovante des organoïdes permet de nouvelles analyses.Grâce à leur capacité à reproduire les caractéristiques choisies des organes, les organoïdes offrent une multitude d’informations permettant d’étudier les maladies et de tester de nouveaux médicaments de manière précise et éthique. L’imagerie joue un rôle essentiel dans l’étude de ces organoïdes, en permettant aux chercheurs de visualiser leur structure et leur fonctionnement interne. Des techniques d’imagerie avancées, telles que la microscopie confocale ou à feuille de lumière, ou encore les approches d’histologie sur coupes sériées, permettent d’obtenir des images détaillées des organoïdes en 3 dimensions, ouvrant ainsi de nouvelles perspectives pour la recherche médicale et la médecine régénérative. Associée à de nouvelles méthodes comme la transparisation, nous étudions des cérébroïdes, cardioïdes ou autres organoïdes différenciés à partir de cellules souches pluripotentes induites.Aurélie Doméné, Anne Gaignerie et Philippe Labrot, MicroPICell
Projet fédérateur GO-EVCaractérisation des vésicules extracellulaires dans le Grand Ouest.Les vésicules extracellulaires (VE) sont des nanoparticules délimitées par une bicouche lipidique et naturellement produites par les cellules. Ces VE sont aujourd’hui proposées comme des biothérapies alternatives ou des biomarqueurs innovants. L’importance de leur cargo dans la communication cellulaire, la médecine régénératrice en font des acteurs prometteurs dans les domaines de la santé. Lors de l’atelier, les techniques d’extraction et de caractérisation des VE explorées dans le réseau Grand-Ouest seront présentées. GO-EV est un réseau multi-sites et disciplinaires regroupant des laboratoires académiques, plateformes et services cliniques. Laëtitia Guével, réseau GO-EV, avec la participation des plateformes APEX, Cytocell, IMPACT, MicroPICell, Spectrométrie de masse (Lipidomique)
PlateformeTitreDescriptionIntervenants
CristalOCristallographie des protéines à l’ère d’AlphaFoldDepuis sa publication (*) et la mise à disponibilité en 2020, Alphafold2 (AF2) est en mesure de révolutionner notre façon de faire et utiliser la biologie structurale. L’atelier proposé par la plateforme CristalO présentera en une courte introduction l’historique menant à la création de AF2, pour ensuite illustrer avec quelques exemples concrets comment ce programme est introduit pour résoudre des structures cristallographiques, et comment utiliser/interpréter les modèles structuraux produits par AF2 si une structure 3D n’est pas envisagée. L’atelier présentera également une ouverture vers des exemples d’actions qui sont fait en utilisant AF2 et/ou RoseTTAFold à large échelle.
(*) Senior AW, et al. Nature. 2020, 577(7792):706-710. doi: 10.1038/s41586-019-1923-7.		Mirjam Czjzek, CristalO
BiodimarBiotechnologies marines et Bioprospection marine : développement de protocoles à façon.Lors de cet atelier, nous exposerons les derniers développements réalisés sur la plateforme Biodimar et les opportunités de développements de protocoles de bioprospection à façon afin de valoriser les biomasses marines par principe de bioraffinerie et vers des marchés divers.Claire Hellio et Marilyne Fauchon, Biodimar
CHEM-SymbioseÉtude de standards moléculaires pour l’identification de substances non intentionnellement ajoutées (NIAS)Le développement de nouveaux polymères présente actuellement une alternative intéressante suite à la règlementation sur l’utilisation du Bisphénol A pour les matériaux au contact des denrées alimentaires. Cependant, l’intérêt d’identification de la présence de substances non ajoutées intentionnellement (NIAS) se révèle être majeur afin de répondre aux préoccupations des consommateurs et des fabricants. Ces NIAS, de structures inconnues, peuvent apparaitre lors de la formation des polymères, lors du processus d’enrobage ou encore après dégradation à long terme. Après caractérisation LC/HRMS des NIAS issues de polymères par nos collaborateurs, la plateforme CHEM-Symbiose a tenté de répondre à leur demande de synthèse de standards analytiques afin de valider les hypothèses d’identification structurale et de pouvoir également les quantifier.David Rupérez Cebolla, Arnaud Tessier et Matthieu Rivière, CHEM-Symbiose
Merimage et le LBI2M
La voie de signalisation mTOR régule un réseau traductionnel stimulant la biogenèse des lysosomes dans l’embryon précoce d’oursin.Chez les métazoaires, la fécondation déclenche un mécanisme appelé la transition œuf-embryon, un processus de développement au cours duquel le paysage moléculaire de l’œuf est entièrement remodelé pour créer une cellule totipotente capable de générer un nouvel individu. Chez l’oursin, la fécondation déclenche immédiatement la traduction des protéines, qui est essentielle pour la reprise du cycle cellulaire et le développement embryonnaire. Bien qu’il ait été démontré que l’activation de la synthèse protéique est sous le contrôle de la voie mTOR, peu de choses sont connues concernant les contributions spécifiques de la traduction et de la signalisation mTOR pour la régulation des processus biologiques participant à la transition œuf-embryon.
En utilisant des marqueurs lysosomotropiques, nous avons montré que la fécondation induit la formation d’un grand nombre d’organites acides. Nos résultats révèlent que ces organites correspondent à des lysosomes et que la traduction des ARN messagers ainsi que l’activité mTOR sont essentielles à leur formation et à leur maintenance. De plus, nos données de translatomique indiquent que de nombreux ARN messagers codant pour des composants lysosomaux sont activement recrutés dans les polysomes en réponse à la fécondation de manière mTOR dépendante. Nos découvertes révèlent ainsi que l’activité de mTOR pourrait orchestrer un réseau traductionnel contrôlant la biogenèse des lysosomes.		Sonia Dufour, UMR 8227 « Laboratoire de Biologie Intégrative des Modèles Marins » (LBI2M)
PlateformeTitreDescriptionIntervenants
KISSf et SeaBeLife BiotechKinases et pathologies humaines : zoom sur l’inhibition de la cible RIPK1Les années 1970 ont vu l’émergence du concept de mort cellulaire programmée avec la description de l’apoptose. Nous savons aujourd’hui que ce n’était qu’une partie d’un puzzle complexe intégrant notamment la mort par nécrose régulée qui est impliquée de façon significative dans diverses pathologies humaines incluant les troubles neurodégénératifs et les insuffisances hépatiques et rénales liées à l’inflammation. En 2013, la plateforme d’étude d’inhibiteurs de kinases « KISSf » de Roscoff et l’IRSET de Rennes ont entrepris une vaste campagne de criblage qui a conduit aux dépôts de trois brevets internationaux exploités à présent par la start-up SeaBeLife Biotech pour prolonger la vie tissulaire en empêchant chimiquement sa mort régulée. Lors de cet atelier sera présenté l’usage d’une technique de criblage phénotypique pour la détection d’inhibiteurs d’une kinase d’intérêt thérapeutique. Claire Delehouzé, SeaBeLife Biotech, et Stéphane Bach, KISSf
MRicD’un évènement dynamique rare à son ultrastructure : les possibilités de l’HPM live µ de CryoCapCell,Nouvellement arrivé sur la plateforme MRic-TEM, l’HPM live µ, congélateur haute pression de CryoCapCell, permet la vitrification d’échantillons épais pour différentes techniques d’imagerie en microscopie électronique (TEM, Cryo-TEM, SEM, Cryo-SEM, CLEM…). Notre HPM live µ est couplé à un microscope confocal à fluorescence LSM 900 de Zeiss, permettant une imagerie rapide en champ large avec possibilité de déconvolution ou plus résolutive en mode confocal LSM+. Cette association permet de suivre une molécule biologique, dans un échantillon, grâce à la fluorescence. Dès qu’un événement d’intérêt rare est détecté, l’échantillon est rapidement (1,30 sec) transféré dans le congélateur haute pression permettant la capture du phénomène dans le but d’aller l’observer à l’échelle ultrastructurale. Dans cet atelier, nous allons parcourir les possibilités disponibles sur ce système,Aurélien Dupont, MRic-TEM
ABiMS, GenOuest et SeBiMERBYTE-SEA : l’infrastructure numérique au service du PEPR ATLASea de séquençage de génomes d’organismes marins. Contribution des plateformes bretonnes de l’axe Bio-informatique de Biogenouest.Dans le domaine des sciences marines, l’exploration de la diversité représente un défi majeur, car seulement environ 10% des espèces marines sont connues et seule une centaine de génomes de haute qualité d’organismes marins ont été mis à disposition de la communauté scientifique.
Le programme ATLASea (PEPR Exploratoire) propose de déchiffrer et d’exploiter la mine colossale d’informations issues d’espèces marines du littoral Français. Quatre mille cinq cents espèces marines, avec une forte couverture des espèces de métropole mais en incluant aussi des espèces des territoires ultramarins, seront échantillonnées par le Projet Ciblé (PC1) DIVE-SEA. Les échantillons seront confiés aux équipes du Projet Ciblé (PC2) SEQ-SEA pour produire des assemblages de génomes associés à des annotations structurales de haute qualité.
Le projet ciblé (PC3) BYTE-SEA s’appliquera à centraliser toutes les données de génomique produites par le projet ATLASea dans un seul portail et à intégrer les génomes d’organismes connexes séquencés par d’autres consortiums. Il permettra de garantir l’interopérabilité et la sécurité des données, et de faciliter leur diffusion et leur utilisation conformément aux principes FAIR et Open Science. L’environnement développé permettra ainsi un accès aux données de séquençage de génomes d’organismes marins. Les données mises à disposition inclueront des informations sur la séquence génomique, les gènes, les régions codantes et non codantes. Le portail offrira également des outils pour la recherche de séquences, l’analyse de génomes, la comparaison de génomes et la visualisation des données. Il permettra de suivre l’avancée du projet et offrira un outil de pilotage aux membres du consortium et de suivi pour la communauté		Anthony Bretaudeau, GenOuest ; Erwan Corre et Gildas Le Corguillé, ABiMS et Patrick Durand, SeBiMER
Projet fédérateur OuestOÏDPanorama des expertises liées aux organoïdes dans le Grand Ouest.OuestOÏD est le premier réseau scientifique consacré aux organoïdes et aux modèles cellulaires 3D dans le grand Ouest. Initié il y a un an par un projet fédérateur Biogenouest, et soutenu par les régions Bretagne et Pays de la Loire, OuestOÏD regroupe des chercheurs et des plateformes technologiques qui utilisent le modèle des organoïdes pour faire avancer les connaissances dans différents domaines tels que la biologie du développement, la physio-pathologie, le développement et l’évaluation de nouvelles thérapies, la médecine personnalisée, ou encore la médecine régénératrice.
Les organoïdes permettent en effet de reproduire certaines fonctions physiologiques in vitro. Ils sont constitués à partir de cellules souches qui se différencient et s’organisent en 3 dimensions, favorisant ainsi les interactions cellulaires. Le développement de ces modèles est actuellement en plein essor. Fédérer les compétences autour de ces modèles permet de favoriser des pratiques homogènes, robustes, responsables et répondant à des exigences de qualité. C’est le rôle du réseau OuestOÏD, à travers la mise en relation des différents acteurs scientifiques, la diffusion de connaissances et d’expertises par des rencontres et séminaires, la promotion de formations et de collaborations entre les acteurs du réseau.
Au cours de cet atelier, nous vous présenterons d’abord les outils développés pour le réseau, notamment l’annuaire des expertises, disponible en ligne pour toute la communauté scientifique. Nous explorerons ensuite le réseau : ses acteurs, les modèles et types d’organoïdes produits, les espèces représentées, ainsi que les différentes prestations disponibles sur le réseau pour produire ou caractériser les organoïdes, et les applications de ces modèles. Nous terminerons par une mise en perspective des activités du réseau OuestOÏD avec les initiatives locales ou nationales dans des domaines liés aux organoïdes.		Bénédicte Martin, réseau OuestOÏD
S’inscrire aux ateliers