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Le projet e-BGO s’est terminé le 30 avril 2015 et a donné naissance à une initiative e-Science nationale avec le CeSGO. Consulter le portail.
Centre e-Science Grand Ouest
Mené entre 2012 et 2015 dans le cadre d’un projet fédérateur e-BGO est initiative e-science de la communauté Biogenouest. Son but est de favoriser le développement de projets exploitant les nouvelles technologies de l’information et de la communication (calcul à haute performance, cloud, gestion et exploitation des données…).
Ce modèle de VRE, unique en France, a reçu des crédits de l’état (CPER) pour se développer à l’échelle nationale. Le projet fédérateur de Biogenouest lancé en 2012 est devenu CeSGO en 2015.
A l’origine du projet, un constat…
Les compétences en bio-informatique ne sont pas développées chez les scientifiques des sciences du vivant. Ils ont pourtant, de plus en plus, à traiter et analyser des données lourdes et pointues (issue du séquençage, de la bio-imagerie, etc.). Ces big data, en plus d’être demandeuses en termes de stockage, requièrent des compétences spécifiques pour leur analyse. Elles sont devenues une problématique inhérente à tous les scientifiques.
Suite à cette constatation, l’environnement virtuel de recherche e-BGO a été créé. Il offre à tout scientifique, même novice en bio-informatique, l’accès à des outils informatiques simples pour le traitement, l’analyse et la gestion des données. Il permet également les collaborations grâce à des outils de partage des données et de gestion de projet.
Pourquoi cette solution offre une approche innovante ? Parce que l’environnement virtuel de recherche e-BGO se base sur des communautés existantes et des outils open source utiles à chacune des étapes, chaque processus, du cycle de vie de la recherche.
Des outils accessibles à tous
On retrouve, sur l’environnement virtuel de recherche e-BGO, trois outils principaux : ‘Hubzero’ pour la collaboration scientifique, ‘EMME’ pour la gestion des métadonnées et ‘Galaxy’ pour l’analyse des données.
EMME : contient l’outil ‘ISAtools’ pour la gestion simplifiée des données expérimentales, accessible à tout biologiste non expérimenté en bio-informatique. http://emme.genouest.org/
Galaxy : pour analyser et partager des données. Cet outil est un franc succès puisqu’à ce jour il compte 152 utilisateurs, plus de 40 000 jobs lancés, et plus de 800 outils d’analyse. De l’utilisation de Galaxy, a résulté la création du Groupe des Utilisateurs de Galaxy dans le Grand Ouest (GUGGO) regroupant 5 sites inter régionaux et proposant : des réunions, des formations, des développements…
De « e-BGO » au « CeSGO »
Les projets fédérateurs de Biogenouest sont créés pour développer des projets transdisciplinaires servant à l’ensemble de la communauté scientifique des sciences du vivant et de l’environnement. On peut dire que le projet e-BGO a réussi son pari puisque l’initiative e-science de la communauté Biogenouest se transforme en projet national : le CeSGO. Financé par le CPER (porteurs du projet : Olivier Collin et Jacques Nicolas / INRIA), le CeSGO va être le 1er centre e-science français ! Dans la lignée d’e-BGO, il s’agira toujours de faire vivre une interface light de gestion de projet et d’analyse de données.
L’échelle des collaborations va également s’élargir avec des collaborations nationales (IFB, Inria), européennes (centre e-Science européen, H2020, etc.) et internationales : avec l’équipe de développeurs de Galaxy coordonnée par Dave Clements, et avec l’équipe de développeurs d’HUBzero coordonnée par John Mc Lennan qui propose que le CeSGO représente le nœud Européen d’HUBzero.
Le CeSGO proposera des développements d’algorithmes, des ressources (avec formation à l’utilisation), des environnements virtuels de recherche dédiés à des communautés spécifiques (bio-imagerie, ‘omic’, etc.), des nouvelles méthodes de sciences participatives (Scitizen pour les sciences citoyennes et MMOS pour l’utilisation des jeux vidéo pour le traitement des données).
Pour en savoir plus, vous pouvez contacter rendez-vous sur www.cesgo.org
