Que ce soient des données de génomique, d’imagerie in vitro ou in vivo, de modèles animaux ou végétaux, les données en sciences de la vie sont aujourd’hui pour la plupart traitées “en silos”. Le projet fédérateur MoDaL (Multi-Scale Data Links), porté par le réseau Biogenouest, vise à décloisonner les ressources et à promouvoir les moments d’échange et de travail collaboratif autour de l’intégration des données biologiques multi-échelles. Le but de ces rencontres est de découvrir la diversité des profils de la recherche en biologie et en santé dans le Grand Ouest.

C’est avec l’idée de fédérer la communauté scientifique et de décloisonner les ressources, qu’est né le hackathon MoDaL. Cet événement, qui s’est déroulé en ligne le 25 janvier et le 1er février, s’est voulu un moment d’échange et de travail collaboratif. Pendant le hackathon le mot clé a été collaboration : des projets aux exposés, le programme s’est construit avec la contribution des participants qui restent, pendant toute la durée de l’événement, protagonistes et animateurs.

Lors de ces deux journées, une variété de profils d’horizons différents se sont rencontrés et ont travaillé ensemble autour de l’intégration des données et de l’interopérabilité. Voici une interview croisée de trois participants : Thomas Darde, Isabelle Hue et Nathan Chate.

Présentation et parcours scientifique : 

Thomas Darde :

Bio-informaticien, Thomas Darde a soutenu son doctorat en toxicogénomique en 2017 au sein de l’IRSET. Ses recherches avaient pour but d’étudier les mécanismes d’action des composés, d’identifier des marqueurs d’exposition, mais aussi de générer des signatures moléculaires à potentiel prédictif. 

Pendant son post-doctorat, Thomas continue de travailler sur les problématiques d’intégration de données hétérogènes ainsi que sur le développement d’outils web pour la visualisation des données génomique, tels que RGV et TOXslgN. 

En mars 2020, il intègre la section R&D de la jeune start-up rennaise Nahibu, avec l’objectif de développer des pipelines d’analyse et des outils user-friendly pour permettre aux clients de visualiser aisément les résultats obtenus. C’est en décembre 2020 que Thomas crée SciLicium, une société de services spécialisée dans l’analyse de données -omiques et le développement d’outils bio-informatiques. 

Isabelle Hue :

Agronome de formation, Isabelle Hue obtient une thèse en immunologie et un post-doctorat en biologie végétale avant d’intégrer une équipe de l’INRA en 1992 pour travailler sur la maturation de l’ovocyte de chèvre. Elle poursuit ses recherches en biologie animale en intégrant en 1997 une équipe qui travaille sur les anomalies d’embryons bovins développés suite à une fécondation in vitro ou un clonage, et elle étudie les interactions utérus/embryon et l’impact du statut physiologique maternel sur le développement de l’embryon.

En 2019, elle intègre l’équipe LPGP de l’INRAE pour aborder une nouvelle facette de la biologie, avec des questions d’interactions moléculaires et cellulaires entres différents tissus (adipeux, conjonctif, musculaire), étudier l’expression de gènes différemment exprimés, les voies fonctionnelles et le traitement statistique de ces données. 

L’intégration de données et leur interaction constituent un point d’intérêt majeur de sa recherche scientifique. 

Nathan Chate :

Après une licence et un M1 en biologie et santé, Nathan Chate commence un M2 en génétique, génomique et biologie des systèmes afin de s’ouvrir et de s’initier à l’analyse bio-informatique. Actuellement en stage à l’Institut du Thorax à Nantes (Université de Nantes, Inserm, CNRS), Nathan participe à une étude sur les arythmies cardiaques en analysant des données de séquençage ATAC-seq, Cut&Run et ChIP-seq, afin d’étudier les facteurs de transcription clés des régions ouvertes de la chromatine.

Retour sur le hackathon : 

1. Aviez-vous déjà participé à un hackathon ? 

Thomas :

Oui, le hackathon est un format bien connu en (bio)-informatique. J’ai participé au GCC (Galaxy Community Conferences) en 2015 et au MétroMix, hackathon organisé en 2017 par Rennes Métropole. 

Isabelle : 

Non, cela a été une première expérience. J’avais déjà entendu parler de ce genre d’événement mais je n’avais pas encore franchi le pas, par crainte que trop de codage ne soit requis.

Nathan :

Non, j’en avais vaguement entendu parler mais je n’avais pas encore eu l’occasion de participer à ce type d’événement. 

2. Qu’est-ce qui a motivé votre participation ? 

Thomas :

Tout d’abord le sujet : l’intégration de données hétérogènes et la réutilisation des données dans le temps sont des sujets d’actualité dans le monde scientifique et représentent deux problématiques majeures que j’ai pu rencontrer tout au long de ma carrière, de la thèse jusqu’à aujourd’hui. 

Ensuite, l’envie de rencontrer des gens partageant des problématiques similaires. Ce que je trouve intéressant dans ce type d’événement, c’est la possibilité de discuter avec des personnes qui, par leur formation et leur expérience, approcheront le projet sur un autre niveau et permettront d’enrichir la discussion avec un regard croisé. 

Isabelle : 

Le thème et l’envie de rencontrer des gens qui cherchent aussi à intégrer des données. De plus, cela a été l’occasion de faire la connaissance de collègues qui travaillent sur d’autres sites ou sur des disciplines différentes, et que je n’aurais pas pu rencontrer autrement. 

Nathan :

L’envie d’élargir ma culture générale en découvrant d’autres activités/domaines de recherche et aussi l’envie de me rapprocher du monde de la bio-informatique. 

3. Trois adjectifs pour décrire cette expérience : 

Thomas :

Stimulante, parce que cela a été l’occasion de faire des nouvelles rencontres et de discuter sur des problématiques partagées au sein d’autres projets.

Enrichissante, par son côté multi-domaines. En travaillant ensemble, chacun a apporté sa pierre à l’édifice. 

Enjouée, le hackathon s’est passé dans la bonne humeur et dans un esprit joyeux et productif !

Isabelle : 

Nouveau.

Interactif, j’ai beaucoup apprécié le caractère spontané et ouvert des échanges. 

Accessible, le langage était compréhensible même pour ceux qui ne sont pas experts en ligne de commande et en bio-informatique. 

Nathan :

Intéressant, les projets proposés étaient très variés et j’ai pu essayer de comprendre les problématiques rencontrées par d’autres personnes, liées à des sujets différents. 

Conviviale, l’outil gather.town a permis de vivre une expérience en distanciel très proche de ce que l’on aurait pu vivre en présentiel. 

Motivant, on était poussé par l’envie d’avancer dans le projet ! De plus, le temps était marqué par des moments collectifs de retour d’expérience sur les projets, ajoutant ainsi un enjeu et un timing à respecter. 

4. Un conseil à donner aux participants des futures éditions ? 

Thomas :

Il faut s’inscrire ! C’est une super expérience qui permet de faire du réseau et de promouvoir les échanges inter-laboratoires. 

Et il ne faut pas hésiter à proposer un projet et à parler sans avoir peur d’être jugé. Les hackathons sont des moments de discussion pour essayer de trouver des pistes d’amélioration à une problématique commune, ils sont basés sur la bienveillance et il ne faut pas hésiter à aller vers les gens. 

Isabelle : 

En tant que porteuse d’un projet, je conseille aux futurs porteurs de bien identifier les questions et d’avoir un titre court, percutant, et un titre long, plus explicite sur le contenu du projet.

Aussi, avant de participer, cela peut être intéressant de prendre connaissance des profils des autres participants, pour pouvoir cibler ses questions et mieux cerner la présentation du projet ainsi que les objectifs attendus. 

Nathan :

Dans ce cas, le hackathon s’est déroulé sur deux jours, à une semaine d’intervalle. Le fait de garder contact avec les autres participants pendant la semaine m’a aidé à garder le fil et avancer sur le projet. Je pense que c’est une bonne stratégie pour ne pas déconnecter entre les deux jours et gagner en efficacité !

5. Qu’avez-vous découvert pendant ce hackathon ? 

Thomas :

J’ai pu comparer différentes méthodes de travail. Par exemple, j’ai tendance à utiliser snakemake pour mes workflows d’analyse, alors que d’autres participants utilisent d’autres outils, comme nextfkow ou CWL. Nous avons pu les comparer et échanger sur ces outils. 

De plus, j’ai pu discuter autour des entrepôts des workflows et le dépôt ainsi que le versioning des données dans d’autres domaines (par exemple, en neuro-imagerie). 

Isabelle : 

J’ai découvert l’équipe MoDaL : le projet qui a été le moteur de cet événement ! J’ai aussi pu identifier des collègues qui travaillent sur des problématiques d’ontologies et méta-données qui sont susceptibles de m’intéresser.

Nathan :

J’ai été très intéressé par le projet sur le bien-être du cheval de sport, à la fois parce que le sujet était nouveau pour moi et aussi parce que cela a mené à une discussion très riche et intéressante lors de la présentation de ce projet le premier jour.  

6. Qu’est-ce qui peut représenter un frein dans votre quotidien dans l’analyse de vos données ?

Thomas :

Tout d’abord la taille des données. En effet, les jeux de données sont de plus en plus volumineux, chose qui demande de diviser l’analyse en plusieurs étapes et de les regrouper ensuite, ce qui n’est pas toujours facile. 

Ensuite, les annotations peu explicites souvent utilisées pour décrire les données. 

Isabelle : 

Il existe une multitude d’outils, ce n’est pas évident de trouver le plus adapté et d’apprendre à bien l’utiliser. 

Nathan :

Dans le cadre de mon stage j’ai beaucoup entendu parler des biais d’analyse. Je pense que c’est très important de garder en tête que, chaque fois que nous traitons les données, nous allons engendrer des erreurs. Savoir les identifier est essentiel pour bien interpréter les résultats obtenus.

7. Quels sont les “plus” qu’une approche intégrée pourrait avoir sur votre travail quotidien ? 

Thomas :

L’approche intégrée permet de mieux structurer l’analyse, de la rendre reproductible et ainsi de gagner en qualité et en temps ! 

Isabelle : 

L’intégration des données permet d’avoir un regard global sur les données, d’en élargir la compréhension, mais toujours avec un œil attentif : les données intégrées peuvent troubler l’information si elles ne sont pas adaptées ou correctement interprétées !

Lorsqu’on travaille en sciences de la vie, l’intégration des données est un plus car on ne formule pas les mêmes hypothèses si on ne regarde qu’une partie restreinte de l’information. Une vue plus globale peut élargir/enrichir les questions de recherche.

Nathan :

Mettre en évidence l’existence d’une corrélation entre des caractères génétiques et phénotypiques permet d’élargir le panorama de recherche et aussi d’avoir plus confiance en ce que l’on trouve.